La actividad que realizan los taxis acuáticos en las islas Galápagos está normada. Una resolución: la 0032 del 31 de marzo de 2015, emitida por la Subsecretaría de Puertos y Transporte Marítimo y Fluvial (SPTMF), establece las regulaciones para el funcionamiento operativo y la prestación de servicios públicos de transporte marítimo de pasajeros.

Esta Resolución fija las rutas, horarios, frecuencias y tarifas determinadas (fijadas) por la SPTMF y el número máximo de pasajeros que cada embarcación podrá transportar de acuerdo a las características técnicas de la nave y lo establecido por la Dirección del Parque Nacional Galápagos.

La resolución 0032 establece también que las embarcaciones que presten servicio público de transporte marítimo de pasajeros no podrán prestar servicios turísticos o de pesca, y tampoco se permitirá la pernoctación de pasajeros a bordo.

Las frecuencias y horarios para las embarcaciones que realizan la transportación de pasajeros de Puerto Baquerizo Moreno a San Cristóbal; de Puerto Ayora a Santa Cruz; de Puerto Villamil a Isabela; desde Puerto Velasco Ibarra hasta Floreana; del Canal de Itabaca, entre Santa Cruz y Baltra; y de Puerto Ayora hasta la playa mansa de Bahía Tortuga, tiene dos opciones: de lunes a domingo de 06:00 a 18:00, desde el muelle municipal de pasajeros hasta el fondeadero de las naves de cabotaje interislas; y las 24 horas hasta el fondeadero de buques dentro de las radas no mayor a una milla náutica.

Para el efecto 55 embarcaciones prestarán el servicio de transporte marítimo de pasajeros. En Puerto Baquerizo están autorizadas siete naves; en Puerto Ayora 26 embarcaciones pertenecientes a las cooperativas Charles Darwin y Los Flamingos; en Puerto Villamil siete; en Puerto Velasco Ibarra una embarcación; en el Canal de Itabaca (Santa Cruz) está autorizada la navegación de cinco  barcazas y cinco taxis acuáticos; y en Puerto Ayora, para el servicio a la playa mansa de Bahía Tortuga, cuatro naves.

La SPTMF, a través de las Unidades Desconcentradas de Santa Cruz y San Cristóbal, será la encargada de controlar que se cumpla lo dispuesto en la resolución y quienes no la cumplan, se solicitará a las Capitanías de Puerto que no emitan el zarpe respectivo.

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